Die Aller wird in Ober-, Mittel-, und Unteraller unterteilt.

Oberaller

Die Aller entspringt in Sachsen-Anhalt im Westen der Magdeburger Börde etwa zwischen
Oschersleben und Helmstedt. Ihre Quellbäche sammeln sich an der Nordostseite des Hohen
Holzes nahe Seehausen.

Zunächst fließt die Aller als kanalartig ausgebauter Bach durch hügeliges, intensiv
bewirtschaftetes Ackerland in nordwestlicher Richtung. Im Osten erstreckt sich der
Flechtinger Höhenzug und im Westen der Lappwald mit seinen Ausläufern. Der Fluss
passiert die Orte Eilsleben und Weferlingen. Nach etwa 60 Flusskilometern erreicht er
bei Oebisfelde den Südrand des Drömlings und damit das Urstromtal, dem er bis zur
Mündung folgt. Jenseits der Landesgrenze zu Niedersachsen knickt die Aller daher bei
Grafhorst nach Westen ab. Hier liegt das Geländeniveau bei 55 m. Bis zur etwa 150 km
entfernten Mündung verliert die Aller nur 40 m an Höhe, so dass sie ab hier deutlich
langsamer durch eine nunmehr breite, als Grünland genutzte Aue fließt. Sie hat ab
Wolfsburg eine generell westnordwestliche Richtung.

In Wolfsburg unterquert die Aller bei Wendschott den Mittellandkanal in einem Düker,
durchquert den Allerpark und passiert den Allersee.

Südlich von Weyhausen zweigt von der Aller der 1860 bis 1863 erbaute und etwa 15 km
lange Allerkanal ab. Er sollte die damals gefürchteten und langandauernden Hochwasser
schneller ableiten. Der Kanal verläuft bis zur Rückleitung westlich von Gifhorn einige
Kilometer südlich der Aller durch den Barnbruch und an Gifhorn vorbei, während die Aller
durch die Stadt fließt. Dieser knapp 30 km lange Abschnitt parallel zum Allerkanal ist
der einzige Laufabschnitt, in dem der Fluss in seinem natürlichen Flussbett mäandriert.
Östlich von Gifhorn bei Osloß wird die Aller vom Elbe-Seitenkanal in einer Trogbrücke
überquert. Westlich der Stadt mündet bei Müden als erster großer Nebenfluss die etwas
wasserreichere Oker ein.

Mittelaller

Zwischen der Okermündung und Celle wird die Aller in einem etwa 30 km langen Abschnitt
als Mittelaller bezeichnet. Wenig oberhalb von Celle fließt sie an Wienhausen und
seinem Kloster vorbei. In Celle ist sie zur Energiegewinnung gestaut und durchquert
hier mit ihren Seitenarmen, dem Magnusgraben und dem Stadtgraben, die Parkanlage
Französischer Garten, die Altstadt und das Schloss.

Unteraller

Der letzte, 112,1 km lange (Schifffahrtsstrecke, verkürzt durch Schleusenkanäle)
Abschnitt unterhalb von Celle ist schiffbar (Bundeswasserstraße). Größere Orte sind
zunächst Winsen, oberhalb dessen von rechts die Örtze mündet, und Wietze. Bei Eickeloh
führt eine Gierseilfähre über die Aller. Dort mündet von links die Leine, wie schon die
Oker etwas größer als die Aller. Danach passiert der Fluss Ahlden und unterhalb der
Böhmemündung die kleine Stadt Rethem. Rund 4 Kilometer nordwestlich von Verden, beim
Ortsteil Eissel, mündet die Aller in die Weser.